Foiirleden blev iPhone OS 3.1.3 frigivet som en opdatering i iPhone og iPod touch. Dermed er det muligt at hente opdateringen med iTunes. Den fylder lige under 300 megabytes, og man bliver guidet gennem hele processen.

Opdateringen er primært en sikkerhedsopdatering, men indeholder dog også nogle mindre forbedringer. Med den nye opdatering bliver batteriniveauet på iPhone 3GS aflæst mere præcist, og man har løst et problem, der gjorde det umuligt for enkelte tredjepartsprogrammer at starte.

Desuden har Apple inkluderet en række sikkerhedspatches, der bl.a. skal beskytte mod MP4 og TIFF-filer med skadelig kode.

Det kan i parentes nævnes, at den nye iPad er baseret på iPhone OS 3.2, men at denne udgave af styresystemet ikke fungerer på hverken iPhone eller iPod touch - i hvert fald ikke den udgave, der er blevet frigivet sammen med udviklingsværktøjet.